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Der 11jährige James durchlebt den Tiefschlag seines Lebens; Erst verprügelt er ein Mädchen, dass sich über ihn lustig macht und fliegt von der Schule, noch am selben Tag verstirbt seine Mutter wegen einer Reaktion zwischen ihren Medikamenten und Alkohol. Ihm und seiner Halbschwester Lauren bricht eine Welt zusammen. Und während James in einem Waisenhaus untergebracht wird, nimmt ihm Laurens Vater, ein Trinker, der ihn abgrundtief hasst, auch noch seine Schwester.
Doch nur nach wenigen Tagen wacht James in einem fremden Raum mit fremden Klamotten auf und es stellt sich heraus, dass eine Geheimorganisation namens CHERUB ihr rekrutieren und zu einem Agenten ausbilden möchte. CHERUB ist ein Teil des britischen Geheimdienstes, der sich darauf spezialisiert hat, minderjährige Agenten auszubilden und zu schulen. Nachdem er die Tests bestanden hat, sagt er schließlich zu.
Nach wenigen Wochen beginnt er dann die Grundausbildung mit seiner Partnerin Kerry, die ihn einführen kann, da sie die Ausbildung bereits begonnen hat und bereits weiß, wie der Vogel läuft. Nach einhundert Tagen hartem Training, inklusive einer schwierigen Prüfung in den letzten drei Tagen, ist es geschafft; die Trainingsgruppe erhält ihre grauen T-Shirts, die sie dazu auszeichnen, nun vollwertige Agenten zu sein.
Sein Leben hat sich in der geheimen Organisation zwar bereits schon drastisch verändert, doch kaum ist er vom Trainingsgelände zurück, wird James auch schon auf seine erste Mission geschickt; er soll dazu beitragen, dass die Öko-Terroristen-Gruppe „Help Earth“, die einen Hackerangriff planen, gestoppt werden.